Principalmente gli innesti servono a riprodurre una pianta, facendo in modo che le nuove piante create mantengano le cartteristiche peculiari della pianta madre (propagazione agamica o clonazione). Quindi se individuiamo una pianta con foglie, fiori, frutti o altre caratteristiche che la rendono interessante bonsaisticamente, possiamo con la tecnica dell'innesto creare 1-10-100 altre piante con quelle stesse caratteristiche.
Ma sfruttando questa tecnica, possiamo anche avere rami dove non esistono o aggiungere le radici che mancano al nostro nebari, oppure ancora dare ad una pianta che cresce lentamente (Pinus pentaphylla)
una radice un po' più vigorosa ( Pinus nigra) o magari ancora una radice più resistente alle malattie e meno esigente in fatto di terreni.